จากการตามอ่านงานเขียนของอาจารย์นิธิ วิธีวิทยา (กรอบวิธีคิด) ที่อาจารย์มักนำเสนอมักสะท้อนให้เห็น 1. อาจารย์มักจะมองปรากฎการณ์เล็ก ๆ ในชีวิตประจำวันเชื่อมโยงกับกลไกที่เกิดขึ้นในภาพใหญ่ 2. อาจารย์ให้ความสำคัญกับบริบทในการวิเคราะห์มาก 3. ข้อเขียนของอาจารย์ตั้งคำถามต่อคำอธิบายทั้งจากแนวคิดแบบฝรั่ง (ตะวันตก) และแนวคิดของไทย และ 4. อาจารย์มักจะใส่มิติทาง ประวัติศาสตร์ วัฒนธรรม อำนาจ และรัฐในประเด็นการวิเคราะห์ของอาจารย์อยู่เสมอ โดยอาจารย์วีระยุทธได้ตกผลึกมุมมองทางเศรษฐศาสตร์ของอาจารย์นิธิได้ออกเป็น 3 ประเด็นที่สำคัญ

1. ในขณะที่นักเศรษฐศาสตร์มองว่าระบบเศรษฐกิจจะถูกจัดการโดยรัฐหรือตลาด แต่อาจารย์มองว่าระบบเศรษฐกิจของไทยถูกกำหนดโดยกลไกตลาดผสมกลไกอุปถัมภ์ (โดยมีรัฐเป็นผู้อุปถัมภ์ใหญ่ที่สุด) ในบทความ “จากผ้าถึงการเมือง” อาจารย์ชี้ว่าอุตสาหกรรมผ้าพื้นเมืองของลาวประสบความสำเร็จกว่าไทยเป็นผลมาจากการที่ พ่อค้าชาวลาวสามารถบริหารกลไกตลาดและกลไกอุปถัมภ์ในกระบวนการผลิตอย่างลงตัว กล่าวคือ เนื่องจากการผลิตผ้าพื้นเมืองจำเป็นต้องอาศัยแรงงานครัวเรือนตามหมู่บ้าน ดังนั้นในกระบวนการผลิตผ้าพื้นเมืองจึงต้องเผชิญกับความสัมพันธ์เชิงอุปถัมภ์ที่เป็นพื้นฐานที่สำคัญของชุมชนหมู่บ้านในเอเชีย 

โดยในกระบวนการประกอบธุรกิจผ้าพื้นเมืองของพ่อค้าผู้อุปถัมภ์ผ้าพื้นเมืองชาวลาวมีความสัมพันธ์ในรูปแบบที่แตกต่างกันระหว่างคนนอกประเทศและคนในประเทศ กล่าวคือ ในด้านหนึ่งพ่อค้าชาวลาวต้องปฏิสัมพันธ์กับตลาดโลก ไปเรียนรู้ความต้องการในตลาดโลก เพื่อแสวงหาลู่ทางโอกาสในการขายผ้าพื้นเมืองให้กับผู้ซื้อ ในอีกด้านหนึ่งพ่อค้าชาวลาวต้องปรับตัวกับวัฒนธรรมอุปถัมภ์ในเอเชียโดยเข้ามาเป็นผู้อุปถัมภ์กับแรงงานหญิงในหมู่บ้าน คอยส่งเสียเลี้ยงดูครอบครัวของแรงงาน เป็นที่พึ่งให้ยามทุกข์ร้อน และเป็นการซื้อใจคนในหมู่บ้านให้มาเป็นแรงงานปฏิบัติตามแนวทางการผลิตผ้าพื้นเมืองที่ตลาดโลกต้องการ ในขณะที่พ่อค้าผู้อุปถัมภ์ผ้าชาวไทยเข้ามาสร้างสัมพันธ์กับผู้ผลิตผ้าในหมู่บ้านไทย โดยไม่ปรับเปลี่ยนแนวทางการผลิตผ้าพื้นเมืองของคนในหมู่บ้าน เนื่องจากพ่อค้าผู้อุปถัมภ์ต้องการให้ผ้าพื้นเมืองเป็นแบบดั้งเดิม เพราะต้องการนำไปใช้สร้างความภาคภูมิใจในชาติจัดแสดงในพิพิธภัณฑ์เป็นหลัก การผลิตผ้าพื้นเมืองของไทยจึงไม่ประสบความสำเร็จมากนักเมื่อเทียบกับของลาว 

2. อาจารย์นิธิตั้งคำถามต่อ “ความเชื่อมั่นของนักลงทุน” “พื้นฐานทางเศรษฐกิจ” ของนักเศรษฐศาสตร์ ในบทความ “ความไม่รู้เรื่องเศรษฐศาสตร์” โดยในช่วง 2540 นักเศรษฐศาสตร์อธิบายสาเหตุของวิกฤตว่าการขาดสภาพคล่องเป็นสาเหตุที่ทำให้นักลงทุนต่างชาติถอนทุนออกไป แต่อาจารย์นิธิเห็นต่างและชี้ว่าเหตุที่นักลงทุนเห็นว่า หากลงทุนในประเทศต่อไปก็ไม่คุ้มเนื่องจากประเทศไทยมีแนวทางการพัฒนาที่เน้นขายทรัพยากรการเกษตร ทรัพยากรธรรมชาติ อุตสาหกรรมค่าแรงราคาถูก เน้นอุตสาหกรรมประกอบ อัตรากำไรต่ำ สิ่งเหล่านี้คือพื้นฐานทางเศรษฐกิจที่ไม่มีอนาคต และทำให้นักลงทุนไม่ลงทุนในระยะยาว เศรษฐกิจของไทยไม่ได้มีปัญหาสภาพคล่อง แต่มีปัญหาสภาพคลั่งที่ปั่นกำไรกันโดยไม่ได้สร้างพัฒนาพื้นฐานทางเศรษฐกิจให้ดีขึ้น 

นอกจากนี้อาจารย์นิธิยังวิจารณ์ความเห็นที่นักเศรษฐศาสตร์มักพูดว่า “สภาพการเมืองไม่นิ่งส่งผลให้ไม่มีใครมาลงทุน” โดยอาจารย์ชี้ว่าสภาพการเมืองของไทยนิ่งเกินไป มีความแน่นอนสูง รัฐบาลบริหารเหมือนเดิมไปวัน ๆ เน้นโกยเข้ากระเป๋า ไม่ได้แก้ไขโครงสร้างเศรษฐกิจให้ดีขึ้น ไม่ลงทุนระยะยาว สิ่งเหล่านี้ต่างหากที่ทำให้ไม่มีใครเข้ามาลงทุน

3. อาจารย์นิธิชี้ให้เห็นว่าวัฒนธรรมส่งผลต่อความเหลื่อมล้ำอย่างไร ในบทความ “ความเสมอภาคแบบไทย” อาจารย์ได้ยกกรณีที่องค์กรสังคมสงเคราะห์เข้าไปแจกผ้าห่มให้ชุมชน แต่ปัญหาคือผ้าห่มมีไม่พอแจกทุกคน คนแจกจึงใช้วิธีให้ผู้นำชุมชนเป็นผู้ตัดสินใจแจกโดยเน้นย้ำว่าให้แจกให้ผู้ที่ขาดแคลนและต้องการก่อน ส่งผลให้ลูกน้องของผู้นำชุมชนไม่พอใจ อาจารย์นิธิชี้ว่า ปรากฏการณ์ดังกล่าวสะท้อนให้เห็นถึงความขัดแย้งระหว่างคุณค่าความเสมอภาคแบบวัฒนธรรมตะวันตกและคุณค่าความเสมอภาคแบบวัฒนธรรมไทย โดยความเสมอภาคแบบตะวันตกคือการชดเชยผู้ที่ขาดอุดหนุนผู้ด้อยโอกาส แต่วัฒนธรรมไทยชอบความเสมอภาคแบบถ้วนหน้าไม่เลือกปฏิบัติโดยไม่สนว่าสังคมมีความเหลื่อมล้ำอยู่ ถึงแม้ทรัพยากรที่แจกจะไม่พอสำหรับทุกคน แต่ทุกคนควรจะมีโอกาสได้อย่างเท่าเทียม ใครจะได้หรือไม่ได้ให้เป็นเรื่องของบุญกรรม ลูกน้องที่ไม่พอใจเนื่องจากผู้นำชุมชนเป็นผู้ตัดสินว่าตนควรจะไม่ได้ ลูกน้องต้องการแจกด้วยระบบสุ่ม หากไม่ได้ก็ไม่เป็นไร แต่หากได้ก็จะยอมเสียสละให้คนที่ต้องการ อย่างน้อยไม่ได้ผ้าห่มก็ยังได้หน้าบ้าง

นอกจากประเด็นเศรษฐศาสตร์เหล่านั้นแล้ว งานอาจารย์นิธิยังถือได้ว่าเป็นมาสเตอร์พีซทางเศรษฐศาสตร์สถาบัน กล่าวคือเศรษฐศาสตร์สถาบันเชื่อว่ามีกฎกติกาต่าง ๆ ที่ควบคุมพฤติกรรมมนุษย์อยู่นอกจากกฎกติกา เช่น ตลาด ระบบอุปถัมภ์ วัฒนธรรม อุดมการณ์ ฯลฯ ในบทความ “ตีนที่มองไม่เห็นที่อาจสามารถ” นายกทักษิณได้ลงพื้นที่ไปเยี่ยมเยียนประชาชนที่อำเภออาจสามารถ จังหวัดร้อยเอ็ด ได้ไปเยี่ยมบ้านคุณพรหมมาแต่เจ้าของบ้านไม่อยู่เนื่องจากประสบปัญหา ไม่มีที่ทำกิน ไม่มีการศึกษา ไม่มีโอกาสทำงานในเมือง มีรายได้ที่ไม่แน่นอนจึงล่องเรือไปทำการประมงในพื้นที่พม่าแล้วถูกรัฐบาลพม่าจับตัวไป นายกทักษิณแก้ปัญหาด้วยการไปประกันตัวจากพม่าและมอบที่ดินทำกินให้ แต่อาจารย์นิธิวิเคราะห์ว่าเมื่อเวลาผ่านไปคุณพรหมมาน่าจะขาดทุนจากการทำเกษตร เนื่องจากราคาผลผลิตต่ำ จนต้องสูญเสียที่ดิน ไม่สามารถไปแสวงหารายได้ในเมือง จนต้องออกทะเลอีกครั้ง และถูกรัฐบาลต่างประเทศจับไป กล่าวได้ว่ามีสถาบันหรือโครงสร้างอะไรบางอย่างที่เป็น “ตีนที่มองไม่เห็น” ที่ถีบคุณพรหมมาให้ออกทะเลไปถูกรัฐบาลประเทศอื่นจับกุมอยู่เสมอ